Действие BioShock 2 начинаются спустя десяток годков спустя события оригинала. Вы получаете роль » папочки» , то есть измененного на генном уровне человека, который одет в водолазный костюм. Конечно в оригинале все эти жители представляют собой существ и служат в качестве охраны для «сестричек», которые собирают вещество АДАМ. Абсолютно никаких своих решений они принять не могут, так же как и отказаться от повиновения. Но в этом случае профессор Бриджит Тененбаум сделала свободным сознание одного из прежних прототипов, и главный персонаж получает шанс свободно действовать и мыслить. Она это сделала для того, чтобы вы оказали ей помощь: найти и обезвредить какую-то «старшую сестру».
Смысл в том, что в почти что безлюдном и разрушенном Восторге появляется молоденькая девушка. Цель ее это восстановить городок и вернуть жизнь в старое русло. И для этого ей приходиться похищать девочек из всех прибрежных мест и трансформировать их в «сестричек». Делая попытки объяснить причины, Тененбаум произносит: «Она всегда помнила, каким был когда-то Восторг, и из-за этого похищает девочек, превращая их в жутких существ, наподобие ей. «Старшая сестра» не знает, что творит. -Это все моя вина». Новая владыка города возвращает жителям АДАМ, что увеличивает беспредел и провоцирует появление новых мутантов. Разобраться в данной ситуации предстоит именно вам.
