Действие данной игры начинаются спустя 5 лет после всех событий, которые были в оригинале. Здешние власти Федеральных Штатов Америки (FSA), когда-то активно помогавшее внедрение инноваций в область кибернетики и бионики, решило принять постановление о запрете на пользование имплантами и механические конечности. Как следствие этого солдаты, которым сделали разного рода микрочипами и протезами, вдруг оказываются перед выбором: или стать инвалидами, или же все-таки стоит начать отстаивать свои интересы. Не сумев получить отмены моратория возможными законными путями, отставники создали милитаристское учреждение BioRain и создали движение восставших. Борясь с властями, группировка провела немногочисленные террористические акты. Как итог, один из городов оказался весь в руинах, а под его завалами заживо были упрятаны сотни тысяч людей.
Вместе с этим, главный персонаж Натан Спенсер (Nathan Spencer), бионический воин, не раз участвовавший в выполнении очень рискованных заданий правительства, обвинялся в убийстве некоторых чиновников и ему вынесли приговор- смертная казнь. Но правительству пришлось отменить решение по ранее ими же созданному делу. В конечном итоге Натан оказывается на свободе, но только лишь с одним условием, что он поможет убрать главарей повстанцев.
