Все разворачивается с похищения загадочной организацией обычного человека по имени Дезмонд. Простой бармен, в его теле течет кровь великого клана асассинов. В убежище врага этого парня подключают к аппарату, который называется Анимус. С его помощью это приспособление злодеи могут считывать генную информацию – как самого персонажа, так и его прародителей. Эту организацию сильно интересует одна единственная личность – Альтаир Altair Ibn La-Ahad. В XII столетии этот человек был весьма хорошим убийцей и получал великое множество крайне серьезных дел.
Орден асассинов сражался с тамплиерами и с последствиями Крестового Похода на местности Святой Земли. Как-то Альтаир провалил важное задание, из-за чего был лишен своего статуса. Ранг у него был снижен до самого низшего, так как ошибка возникла из-за высокого самомнения. Но руководитель организации делает предложение верному помощнику восстановиться, выполнив всего один небольшой «заказ«. Суть его заключается в убийстве 9-и очень больших персон в районе. Альтаир соглашается на предложение.
По ходу разворачивания событий выясняется, что данная организация, стоящая за исчезновением Дезмонда, это ни кто иные, как современные тамплиеры, соблюдающие традиций предков. Ищут они старое сокровище, к нему путь возможно узнать только через память бармена. Но никто даже и подумать не мог, что в этом, с виду обычном проекте, смогли затронуть философские темы. Хотя все это в основном понятно становиться только под конец игры. Персонаж вяло следует сценарию, узнавая обо всех событиях только по предсмертным монологам каждой жертвы.
Для выполнения необходимых заданий нужно тщательно собирать всю информацию о жертве. В основном это осуществляется при помощи карманного воровства и побочных миссий, которые предлагают другие асассины. Но все же чаще всего нужно просто убить какого-нибудь тамплиера или влиятельного человека. Также в дополнительные задачи входит обзор прилежащей местности с наблюдательных пунктов или спасение горожан от стражников.
Поле действий очень обширно. Делиться оно на четыре местности – Акр и Масиаф, Иерусалим и Дамаск. Масиаф -это древний замок служащий убежищем асассинов. Передвигаться между точками назначения возможно только на лошади.
